در سال 1957، باستان شناس و ماجراجو، دکتر هنری "ایندیانا" جونز، جونیور دوباره به عمل دعوت می شود و درگیر نقشه ای شوروی می شود تا راز پشت آثار مرموز به نام جمجمه های کریستالی را کشف کند.